Certaines moisissures produisent également des mycotoxines qui peuvent poser de sérieux risques pour la santé des humains et des animaux. Certaines études affirment que l'exposition à des niveaux élevés de mycotoxines peut entraîner des problèmes neurologiques et, dans certains cas, la mort. Une exposition prolongée, par exemple une exposition quotidienne à la maison, peut être particulièrement dangereuse. La recherche sur les impacts sanitaires de la moisissure n'a pas été concluante. Le terme «moisissure toxique» fait référence aux moisissures qui produisent des mycotoxines, telles que Stachybotrys chartarum, et non à toutes les moisissures en général.
La moisissure dans la maison peut généralement être trouvée dans des zones humides, sombres ou humides, p.ex. salle de bain ou cuisine, zones de stockage encombrées, zones récemment inondées, sous-sol, plomberie, ventilation insuffisante et à l'extérieur dans des environnements humides. Les symptômes causés par une allergie aux moisissures sont les suivants: yeux larmoyants et larmoyants; une toux chronique; maux de tête ou migraines; difficulté à respirer; éruptions cutanées; fatigue; problèmes de sinus; blocage nasal et éternuements fréquents.
Les moisissures peuvent également constituer un danger pour la santé humaine et animale lorsqu'elles sont consommées à la suite de la croissance de certaines espèces de moisissures dans les aliments stockés. Certaines espèces produisent des métabolites secondaires toxiques, appelés collectivement mycotoxines, notamment les aflatoxines, les ochratoxines, les fumonisines, les trichothécènes, la citrinine et la patuline. Ces propriétés toxiques peuvent être utilisées au profit de l'homme lorsque la toxicité est dirigée contre d'autres organismes; par exemple, la pénicilline affecte négativement la croissance des bactéries Gram-positives (par exemple les espèces de Clostridium), certains spirochètes et certains champignons