Fleming a continué à enquêter sur la pénicilline, montrant qu'il pouvait inhiber divers types de bactéries trouvées dans les infections et autres affections, mais il était incapable de produire le composé en assez grandes quantités nécessaires pour la production d'un médicament.Son travail a été élargi par une équipe à Oxford Université; Clutterbuck, Lovell et Raistrick, qui ont commencé à travailler sur le problème en 1931. Cette équipe a également été incapable de produire le composé pur en grande quantité, et a constaté que le processus de purification a diminué son efficacité et nié les propriétés anti-bactériennes qu'il avait .
Howard Florey, Ernst Chain, Norman Heatley, Edward Abraham, également à Oxford, ont continué le travail. Ils ont amélioré et développé la technique de concentration en utilisant des solutions organiques plutôt que de l'eau, et ont créé l '«Oxford Unit» pour mesurer la concentration de pénicilline dans une solution. Ils ont réussi à purifier la solution, augmentant sa concentration de 45 à 50 fois, mais ont trouvé qu'une concentration plus élevée était possible. Des expériences ont été menées et les résultats publiés en 1941, bien que les quantités de pénicilline produites n'étaient pas toujours assez élevées pour les traitements requis. Comme c'était pendant la Seconde Guerre mondiale, Florey a demandé l'intervention du gouvernement américain. Avec des équipes de recherche au Royaume-Uni et certaines aux États-Unis, la production industrielle de pénicilline cristallisée a été développée au cours de 1941-1944 par l'USDA et par Pfizer.
Plusieurs médicaments hypocholestérolémiants (comme la lovastatine, d'Aspergillus terreus) sont dérivés de moisissures. [Citation nécessaire]
Le médicament immunosuppresseur cyclosporine, utilisé pour supprimer le rejet des organes transplantés, est dérivé de la moisissure Tolypocladium inflatum.